对于反渗透的化学清洗，其内在主要污染物的优先次序为：胶体硅﹥可吸附有机物﹥颗粒物质（铁和铝的胶体物）﹥微生物﹥金属氧化物。

化学清洗是膜污染的一个逆过程。只要优先去除内在的主要的膜污染物，则次要的或螯合的膜污染物就会被同时去除或者被后续化学清洗工艺很容易地去除，从而减少化学清洗的总时间。

根据反渗透系统水质分析报表、运行操作记录和当前反渗透装置的运行状况，首先初步判定膜污染物的种类，然后通过肉眼观察污染膜组件，以确定具体的复合污染物种类和程度，最后根据PCPEF原则“对症下药”，确定适宜的化学清洗配方进行在线化学清洗，同时可对预处理系统提出评价与改进方案。